男性非淋菌性尿道炎约30-70%可通过性交传染给女性，反之亦有25-50%患有衣原体性宫颈炎的女性经性交亦可传给男性。新生儿由母体垂直感染，发生衣原体性结膜炎，有10-20%发生肺炎，女性感染CT还有由宫颈炎上升而并发腹腔内诸器宫感染。由于“口交”亦能引起口腔内衣原体感染。另外，由宫颈、输卵管处分离出CT的事实，也可说明其传播途径。

    应该说明一点：当今有些所谓NGU与性行为并无关系，如医源性感染（尿道插管、 膀胱镜以及外伤或化学性刺激等）。还有所谓NGU并非是由衣原体性微生物所致，在含义上应该与NGU加以区别，因为病原体不同，而传播途径也有所不同，故医生在诊治中要心中有数。