有些不负责任的医院采用增加药量及很多种西药联合使用，超时限用药，毒副作用太大，肝脏、肾脏的负担过大，使肝、肾功能下降，人体免疫力也随之下降，人体免疫力下降又使病情加重或有并发感染，形成恶性循环，久治不愈，或越治越重。

反复大量使用广谱抗生素导致体内菌群失调，免疫力下降，使原本不致病的病原体，真菌，微生物大量繁殖，成为诱发新的感染或加重原有感染的根源。如非淋患者大量使用抗生素后诱发霉菌性阴道炎或霉菌性龟头炎等。

临床上，治疗非淋菌性尿道炎，对于发病初期，尿道分泌物较多，尿急，尿痛等症状较明显的，在服用或注射敏感抗生素（先做药敏试验，以便准确用药）的同时，可短期辅以中药内服，可以缩短治疗时间，提高治疗效果，以期彻底治愈。对于慢性非淋菌性尿道炎患者（病程3周以上）及尿道炎症状持续不退，查菌阴性或并发前列腺炎，附睾炎，输精管炎，宫颈炎，宫颈糜烂，子宫内膜炎等并发症的患者，西药治疗难以收效时，应以中药治疗为主要选择，适当延长疗程，以求达到标本兼治，彻底康复。