本病病原体为肉芽肿荚膜杆菌，是一个细胞内微生物，革兰氏阴性短杆状细菌，近年有人认为本菌是一种裂殖菌，存在于肉芽组织中的单核细胞内外，在空胞中组成巨噬细胞，大小为0.6μm×1.5μm，此细菌的组织球，有时因多核白血球、巨噬细胞增殖在细胞内的空泡中可集聚20-30个之多，向细胞放出，故又称Donovan小体。

肉芽肿荚膜杆菌在人工培养基中培养难以成功，其生物学性状基本不明，但有人将该菌接种在含孵鸡卵黄培养基中培养成功，但将培养出的病原体再给人接种，并未发生象腹股沟肉芽种样病变。由于人工培养基培养不能成功，细菌学检查极为困难。用血清学检查也不易证明。

镜检：从病灶部取一小块病变组织，制成涂抹干燥待检标本，用姬姆萨染色、瑞氏染色。镜检倍数10×100倍油浸观察，肉芽肿荚膜杆菌为大型的组织球集聚在原生质内形成Donovan小体，并呈蓝黑色。虽经卵黄囊内接种取得成功，证明无运动性，革兰氏阴性，但在临床上很少有实用价值。病理组织活检；从肉芽组织边缘深部取材，活检程序用姬姆萨染色，可见蓝黑色的Donovan小体，电镜下同样可见其小体。