潜伏期通常为4-7天。妇女感染常表现为持续性阴道炎，起病可急可缓。滴虫性阴道炎主要表现阴道分泌物增多，呈泡沫状，味恶嗅，黄绿色。排尿困难，外阴瘙痒。急性期持续1周或数月，病情轻重常有波动，性交疼痛，月经期后症状加重。随后白带减少，症状减轻，亦可完全消失，但患者成为带虫者。女性患者在首次诊断本病时，50%无症状。阴道毛滴虫若在尿道或膀胱寄生，则可引起毛滴虫性尿道、膀胱炎。阴道毛滴虫能吞噬精子，可致不孕。有人报道，阴道毛滴虫还能引起细胞发育异常及细胞核异常，因此，癌症的发生率显著高于无滴虫妇女。检查发现从阴道穹窿及子宫颈轻度充血到广泛糜烂、瘀点及肛周糜烂、颗粒状易碎及潮红的子宫内膜（草莓状子宫颈）。

男性滴虫病常感染前列腺和尿道，感染后无任何症状，呈带虫状态，常招致配偶或性伴的连续重复感染，但男性亦可表现为非特异性尿道炎。男性非淋菌性尿道炎中大约有5%~15%，是由阴道滴虫引起。四环素治疗无效的患者，本病发病率更高。